中国医学前沿杂志(电子版)

2021, v.13(07) 65-72

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肝内胆管细胞癌自噬相关长链非编码RNA预后模型的识别与建立:一项基于癌症基因组图谱的研究
Identification and construction of a prognostic model for autophagy-related long noncoding RNA in intrahepatic cholangiocarcinoma——a study based on the cancer genome atlas

朱春宇;邹文博;刘荣;

摘要(Abstract):

目的识别与肝内胆管细胞癌(intrahepatic cholangiocarcinoma,ICC)预后和自噬进程相关的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)并构建预后预测模型,筛选影响ICC进展和预后的生物标志物,并探讨其相关机制。方法从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)下载原始肿瘤与正常组织的转录组测序数据和临床病理资料,从人类自噬数据库(human autophagy database,HADb)中提取自噬相关基因。采用共表达分析鉴定自噬相关的lncRNA,采用单因素、多因素Cox回归分析筛选差异表达和生存相关的自噬lncRNA,并建立最优预后预测模型。采用Kaplan-Meier生存分析评价风险评分对总生存率的影响。主成分分析(principal component analysis,PCA)用于描述风险模型区分患者的能力,基因集富集分析(geneset enrichment analysis,GSEA)用于揭示参与生物学通路的预后特征。结果联合TCGA和HADb共提取出210个ICC自噬相关基因。基于Pearson共表达分析,筛选出1209个自噬相关lncRNA,单因素和多因素Cox回归分析发现,lncRNA NOP14-AS1和AL391056.1与ICC预后独立相关,并构建基于二者的预后预测模型。受试者操作特征曲线验证模型准确性良好,且通过PCA证实模型具有良好的风险判别能力。GSEA提示这2个自噬lncRNA参与补体与凝血级联通路。多因素Cox回归分析显示风险评分是影响ICC患者预后的独立危险因素。结论基于生物信息学方法构建的ICC自噬lncRNA预后预测模型具有良好的预后预测能力,并且为ICC患者未来的治疗提供可能的靶点。

关键词(KeyWords): 长链非编码RNA;肝内胆管细胞癌;自噬;预后;生物信息学

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家自然科学基金青年科学基金项目(31700772)

作者(Authors): 朱春宇;邹文博;刘荣;

参考文献(References):

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